Background
최근 암 정밀의학의 화두는 단연 액체생검(liquid biopsy)이다. 2015년 MIT에서 올해의 혁신 기술로 발표한 이래 암 학회에서 가장 주목받는 연구 분야가 됐고, 해마다 관련 산업이 22% 이상 초고속 성장하고 있다. 액체생검이란 혈액이나 소변, 타액 같은 액체(liquid)에서 특정 장기(조직)에서 유리된 DNA, RNA, 마이크로 RNA, 단백질(Protein) 등을 얻어 조직의 병변 상태를 진단하는 것을 말한다. 이는 조직 생검(tissue biopsy)에 비견해 액체생검(liquid biopsy)이라 부른다. 정상적인 혈류 안에는 백혈구, 적혈구 등의 세포 외에 다양한 장기에서 유리된 DNA 조각들이 떠다니는데 이를 혈장 내 유리 DNA(Cell free DNA, cfDNA)라 부른다. 특히 암이 자라나는 과정에서 다량의 DNA가 혈류 속으로 방출되게 되는데, 종양이 자라면서 세포가 고속으로 분열하고 암세포는 끝없이 신생혈관에 괴사, 사멸, 분비 등을 통해 깨어진 DNA 조각을 유리 시킨다. 이런 혈장 내 유리 DNA(cfDNA)를 얻어서 암세포에서 유래된 DNA(circulating tumor DNA, ctDNA)를 추출한 후 이 들 ctDNA에서 주요 유전자의 체세포 돌연변이를 관찰하거나 메틸화된 정도를 관찰하는 등의 분석을 한다. 이를 통해 암을 조기 진단하거나 암의 재발을 모니터링하는 바이오마커로 활용한다. 1 이러한 바이오마커들의 효율적인 연구를 위해 Roche에서는 혈장(Plasma)과 조직(FFPET) 검체를 모두 사용할 수 있는 Oncology LSR kits를 제공한다.
What are Roche Oncology LSRs?
Roche에서 제공하는 LSR(Life Science Research) 제품은 FDA RUO 제품 지침에 맞게 개발된 Real-Time PCR 기반의 Oncology 연구 전용(Research Use Only, 진단 목적으로 사용할 수 없음) 시약2,3으로 Roche cobas z480 real-time PCR analyzersup4의 UDF 모드를 이용하여 구동된다. BRAF/NRAS 두 개의 Mutation을 동시에 검출할 수 있는 BRAF/NRAS Mutation Test2 와 KRAS Mutation 을 검사할 수 있는 KRAS Mutation Test v23를 제공한다.(Figure 1) BRAF/NRAS Mutation Test는 FFPET, Plasma검체를 이용하여 BRAF Gene의 Exon 11, 15 mutation, NRAS Gene의 Exon 2, 3, 4에 존재하는 Mutation을 검출하고2, KRAS Mutation Test는 FFPET, Plasma 검체를 이용하여 KRAS Gene의 Exon 2, 3, 4에 존재하는 Mutation을 검출한다.
Roche BRAF/NRAS Mutation Test 와 KRAS Mutation Test는 높은 민감도와 넓은 Mutation coverage를 가지고 있다. (Table 1)2,3,5
Table 1. Roche LSR Product performance
지원 가능한 검체 Type으로는 FFPET 와 Plasma 검체를 모두 사용할 수 있고, Real-Time PCR 진행 시, 아래와 같이 한 Plate에 검체 종류, 검사 종목에 상관없이 Mixed Batch로 검사 가능하다.2,3 (Figure 2)
Figure 2. Mixed batch example
또한 Roche LSR product는 Web-based Interface를 통한 결과 분석 및 해석을 제공하여 간단한 Workflow를 제공한다.2,3 (Figure 3)
Figure 3. Roche LSR Product Workflow
검사 진행 후 측정된 파일을 http://oncologyresearchkits.roche.com/data-analysis 에 Upload 하면 자동으로 결과 Report를 생성하고, Report에서는 Mutation result 와 ct 값을 확인할 수 있다. 검체 type 이 Plasma인 경우에는, SQI (Semi-Quantitative Index) 값 또한 제공된다.6 (Figure 4)
Figure 4. Roche LSR Product result report
1. 암과 정밀의학 : 동반진단에서 액체생검까지, http://medigatenews.com/news/4162138994]
2. BRAF/NRAS mutation test package Insert]
3. KRAS v2 mutation test package Insert]
4. cobas z480 analyzer (수인 11-1225호)]
5. COSMIC database v80]
6. Roche oncology LSR website : http://oncologyresearchkits.roche.com/data-analysis
